Soweit ich weiß werden mit dem Coop-Modus und Adventure mode auch neue Schiffe kommen, die dann auch zT spezifisch für jede Fraktion sind. Frei platzierbare Deko war auch im Gespräch, aber die ist schwieriger umzusetzen als die themes.
Modifizierung der Schiffe, die das gameplay beeinflusst wird es allerdings nicht geben, zumindest nicht im Skirmish-Modus. Das wäre zu kompliziert umzusetzen und zu balancieren.
Es könnte aber sein, dass man im Adventure mode sein Schiff verbessern kann, indem man bessere Motoren etc kauft. Dazu habe ich aber keine konkreten Informationen.